البرغوثي هو أحد مؤسسي حركة المقاطعة وسحب الاستثمارات وفرض العقوبات (بي دي إس). وبينما يدّعي أن حركة بي دي إس هي شكل من أشكال النشاط اللاعنفي، فقد اعترف أيضًا بأن هدفها الرئيسي هو إنهاء الدولة اليهودية. كما رفض أي شكل من أشكال حل الدولتين، قائلاً إن إسرائيل ليس لديها ”مطالبة أخلاقية“ بالأرض.