ברגותי הוא המייסד השותף של BDS, ולמרות שהוא טוען שזו צורה לא אלימה של אקטיביזם, הוא גם הודה שהמטרה העיקרית של BDS היא סופה של מדינת היהודים, והוא גם דחה כל צורה של פתרון שתי המדינות, בטענה שאין לישראל "תביעה מוסרית" על הארץ.