ברגותי הוא המייסד המשותף של תנועת החרם, משיכת השקעות וסנקציות (BDS). בעוד שהוא טוען כי BDS היא צורה לא אלימה של אקטיביזם, הוא גם הודה שמטרתה העיקרית היא סוף המדינה היהודית. הוא גם דחה כל צורה של פתרון שתי המדינות, באומרו כי לישראל אין "תביעה מוסרית" לאדמה.